Το 2015, λόγω της δήθεν εμπλοκής της σε διερευνώμενες από τη Δικαιοσύνη πράξεις και της παραπομπής της σε ποινικό δικαστήριο, αποπέμφθηκε από τη θέση της γραμματέως δημοσίων εσόδων
Ειδικότερα, από το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων (ΕΔΔΑ) η Ελλάδα καταδικάστηκε για παραβίαση του τεκμηρίου αθωότητας της κυρίας Σαββαΐδου και υποχρέωσε το Ελληνικό Δημόσιο να της καταβάλει το ποσό των 6.000 ευρώ για την ηθική βλάβη που δέχθηκε, συν 1.000 ευρώ για τα δικαστικά έξοδα.
Στις 22.10.2015, κατόπιν απόφασης του υπουργικού συμβουλίου, λόγω της δήθεν εμπλοκής της κυρίας Σαββαΐδου σε διερευνώμενες από την ποινική Δικαιοσύνη πράξεις και της παραπομπής της σε ποινικό δικαστήριο, αποπέμφθηκε από την θέση της.
Την ίδια ημέρα και ενώ εκκρεμούσαν δύο ποινικές υποθέσεις σε βάρος της, και συγκεκριμένα, ενώ: